von notho2 am 25.03.2022, 16:32 DOI:10.1371/journal.pone.0239264
Genetische Analyse von Cryptozona siamensis (Stylommatophora, Ariophantidae) Populationen in Thailand unter Verwendung der mitochondrialen 16S rRNA- und COI-Sequenzen
Genetic analysis of Cryptozona siamensis (Stylommatophora, Ariophantidae) populations in Thailand using the mitochondrial 16S rRNA and COI sequences
Autoren
Abdulhakam Dumidae1, Pichamon Janthu1, Chanakan Subkrasae1, Wilawan Pumidonming1, Paron Dekumyoy2, Aunchalee Thanwisai1,3,4, Apichat VittaID1,3,4*
1 Department of Microbiology and Parasitology, Faculty of Medical Science, Naresuan University, Phitsanulok, Thailand,
2 Department of Helminthology, Faculty of Tropical Medicine, Mahidol University, Ratchathewi, Bangkok, Thailand,
3 Centre of Excellence in Medical Biotechnology (CEMB), Faculty of Medical Science, Naresuan University, Phitsanulok, Thailand,
4 Center of Excellence for Biodiversity, Faculty of Sciences, Naresuan University, Phitsanulok, Thailand
Fig 1. Geographical locations of the 4 populations of C. siamensis in Thailand, with the 14 haplotypes based on the 16S rRNA and COI sequences. Numbers inside the closed and opened circles indicates the haplotype number
Abstrakt
Cryptozona siamensis, eine der am weitesten verbreiteten Landschnecken, stammt aus Thailand und spielt eine Schlüsselrolle als landwirtschaftlicher Schädling und Zwischenwirt für Angiostrongylus spp. Seine genetische Vielfalt und Populationsstruktur wurde jedoch noch nicht untersucht und ist wenig verstanden. Daher wurde eine genetische Analyse der C. siamensis-Population in Thailand durchgeführt, basierend auf mitochondrialen 16S rRNA (402 bp) und COI (602 bp) Genfragmentsequenzen.
Cryptozona siamensis wurde zwischen Mai 2017 und Juli 2018 nach dem Zufallsprinzip an 17 Orten in vier Populationen in ganz Thailand gesammelt. Achtundfünfzig Schnecken wurden verwendet, um die Phylogenie, die genetische Vielfalt und die genetische Struktur zu untersuchen. Der Maximum-Likelihood-Baum basierend auf den 16S rRNA- und COI-Fragmentsequenzen zeigte zwei Hauptkladen. In den 16S rRNA-Sequenzen wurden insgesamt 14 Haplotypen mit 44 nukleotidvariablen Stellen gefunden, während in den COI-Sequenzen 14 Haplotypen mit 57 nukleotidvariablen Stellen gefunden wurden. Die genetische Vielfalt von C. siamensis in Bezug auf die Anzahl der Haplotypen und die Haplotypvielfalt erwies sich als hoch, aber die Nukleotidvielfalt zeigte eine geringe genetische Differenzierung für die COI-Sequenz, wie auch bei der 16S rRNA-Sequenz festgestellt. Die populationsgenetische Struktur von C. siamensis zeigte genetische Unterschiede in den meisten Populationen in Thailand. Ein geringer genetischer Unterschied in einigen Populationen kann jedoch auf einen hohen Genfluss zurückzuführen sein. Diese Studie liefert neue Einblicke in die grundlegende Molekulargenetik von C. siamensis.
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